junk-ghostさんとCONFLICTさんのところで見かけた症状、
54が移転後、同じ症状で登録できなかったのを解決した手順を書いてみます。
サーバとアーカイブからinstall.txtを削除。
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ルートとmaster内の「updates2.dau」二つ「updates.txt」二つを削除し、SSPで作り直す。
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サーバにupdates2.dauとupdates.txtをアップロード
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SiReFaSoManagerプラグインを使用
（このときバルーンに表示されたURLから開いたページに【updated】と表示されるまで待たないとだめなようです。）
この手順でMD5エラーを回避して登録完了し、その後も更新が補足されています。
ただ、駄目人間養成所さんの症状は起きなかったため不明です。
削除して認識させてから、作り直したファイルを再度サーバにアップとかで何とかならないものだろうか？
